英国初创公司Basecamp Research与Nvidia和微软的研究人员合作,开发了名为Eden的AI模型系列。这些模型基于从全球收集的超过100万个微生物物种的进化数据训练,用于生成针对癌症和多重耐药细菌的潜在新疗法。Eden模型家族中最大的模型包含280亿参数,训练使用了9.7万亿个核苷酸标记,且预训练数据集未包含任何人类、实验室或临床数据。
Eden的研究包括AI设计的酶,称为大型丝氨酸重组酶(LSRs),能够执行精确的大基因插入。与基于CRISPR的方法不同,LSRs可以插入超过30,000个碱基对的大DNA序列而不损伤DNA,这使其在治疗应用中可能更安全。研究团队在疾病相关基因组位点上测试了该模型,针对所有测试位点,Eden在仅输入30个碱基对DNA的情况下生成了多个活性酶,功能性命中率达到63.2%。在人类原代T细胞中,AI生成的酶达到了治疗相关的整合水平。
此外,Eden生成了一个抗菌肽库,这些短蛋白链能够杀死细菌,针对世界卫生组织列为关键优先的多重耐药病原体。在测试的33种肽中,97%显示出活性,顶级候选物对鲍曼不动杆菌等病原体实现了单位数微摩尔效力。研究人员强调,据他们所知,这是首次使用DNA基础模型直接设计肽和抗生素,并在真实实验中证明效力。